Ֆունկցիոնալ մագնիսա-ռեզոնանսային տոմոգրաֆիա (fMRI), որի ժամանակ որոշվում է գլխուղեղի կեղևի կենտրոնների տեղակայումը (խոսքի Բրոկի և Վերնիկեի կենտրոնների, շարժողական և զգայաշարժական): Այս մեթոդը վերջերս է լայն տարածում գտել արդի բժշկագիտության մեջ և թույլ է տալիս ավելի արդյունավետորեն պլանավորել նյարդավիրաբուժական միջամտությունները` նվազեցնելով հետվիրահատական նյարդաբանական դեֆիցիտների ռիսկը, որոշել էպիլեպտիկ օջախների տեղակայումը և գլխուղեղի դոմինանտ կիսագունդը, հսկել գլխուղեղի կեղևի ֆունկցիաների կոմպենսացիան և վերականգնումը, իրականացնել նեյրոհոգեկան հետազոտություններ, այդ թվում Ալցհեյմերի հիվանդության ժամանակ:
Մագնիսա-ռեզոնանսային պերֆուզիա (MR Perfusion), որի շնորհիվ հնարավոր է որոշել օրգանների (գլխուղեղի, լյարդի) կամ դրանցում առկա ախտահարումների արյունամատակարարման մակարդակը և ֆիքսել նույնիսկ ամենափոքր շեղումները նորմայից: Պերֆուզիան հիմնականում կիրառվում է գլխուղեղի և այլ օրգանների իշեմիաների վաղ հայտնաբերման և նորագոյացությունների անոթավորման աստիճանի որոշման համար:
Մագնիսա-ռեզոնանսային սպեկտրոսկոպիա (MR Spectroscopy), որի միջոցով հնարավոր է ախտորոշել զանազան ախտահարումների ժամանակ առաջացող հյուսվածքների բիոքիմիական փոփոխությունները: ՄՌ սպեկտրները արտահայտում են մետաբոլիկ գործընթացները: Այս մեթոդի օգնությամբ հնարավոր է լինում իրականացնել գլխուղեղի և այլ օրգանների նորագոյացությունների տարբերակիչ (դիֆերենցիալ) դիագնոստիկա: Շատ հաճախ ՄՌ սպեկտրոսկոպիայի միջոցով հնարավոր է լինում խուսափել նորագոյացությունների բիոպսիայից, ինչը անհրաժեշտ է բուժման տակտիկայի ընտրության համար:
Մագնիսա-ռեզոնանսային վենտրիկուլոգրաֆիա (MR Ventriculography), որի միջոցով հնարավոր է գնահատել ուղեղ-ողնուղեղային հեղուկի հոսքը և հայտնաբերել հոսքի խանգարումները: